A súa biblioteca é un dos conxuntos bibliográficos máis interesantes que conserva a institución na actualidade, posto que inclúe abundantes estudos históricos, literarios e etnográficos referidos a Galicia ou que axudan a comprender a súa idiosincrasia como pobo. Algúns dos exemplares conteñen anotacións manuscritas do propio Murguía ou dedicatorias dos autores á súa persoa.
Dos preto de 2.000 volumes procedentes deste fondo, a maior parte deles chegou á RAG como legado da súa filla Gala. O resto xa fora doado polo propietario en diferentes momentos da súa etapa de Presidente.
Para reunir esta colección, o historiador acudiu a distintas fontes. Para os exemplares máis antigos, ademais da compra directa en rastros e librerías de vello, consultaba os catálogos de librerías parisienses e madrileñas, que a RAG conserva dentro deste fondo, como o Catalogue des libres anciens qui se trouvent á la Librairie Tross (París, 1875) ou o Catálogo de las obras impresas y manuscritas de los siglos XV al XVIII de venta en la Librería de la Viúda de Rico (Madrid, 1902). Tamén conseguiu moitos dos libros máis modernos ou estranxeiros grazas aos catálogos da Librería Bailly-Baillière de Madrid, algúns con anotacións manuscritas.
Nos propios libros da colección constatamos a presenza de distintos selos de librerías. Os máis abundantes son os das madrileñas “Bailly-Baillière” e “Fé Librero”. Tamén aparecen os das coruñesas “Librería de Martínez”, de Andrés Martínez Salazar, e “Librería de Carré”, de Uxío Carré Aldao, sucesora da anterior, así como o da compostelá “Librería y Centro de Suscriciones de José Galí”.
Non obstante, ademais de adquirir libros, en ocasións viuse na obriga de vender algúns exemplares da súa biblioteca, para paliar a súa debilitada economía.
En liñas xerais, a bibliografía procedente deste fondo abrangue dende o século XVI ata principios do século XX. Entre os libros máis antigos atopamos, por exemplo, os titulados Index librorum expurgatorum (Madrid, 1584) e Las seis comedias de Terencio conforme a la edición de Faerno (Barcelona, 1599).
Respecto aos variados lugares de publicación das obras, pola súa frecuencia destacan A Coruña, Madrid e París.
Canto á temática, a colección reflicte, como é natural, os temas de interese do propietario, os cales xiran arredor da historia, etnografía, filoloxía e política, entre outros.
As súas investigacións sobre a cultura galega levárono á necesidade de incluír na súa biblioteca abundante bibliografía francesa, italiana, portuguesa e inglesa.
O celtismo, unha das teorías que Murguía defende na súa obra Galicia, é un dos seus temas de investigación preferentes. Sobre esta temática, o fondo conta con obras como a de Alexandre Bertrand titulada Les celtes dans les vallées du Pô et du Danube (París, 1894), a de Beale Poste titulada Celtic inscriptions on Gaulish and British coins (London, 1861), ou unha das máis significativas, a importante tradución francesa do libro sobre a conquista de Irlanda, coñecido como Libro das invasións, titulada Leabar Gabala (París, 1884).
Outras obras presentes no fondo de Murguía son as relacionadas coa problemática arredor dos foros, outro tema do seu interese, como El derecho foral en Galicia (A Coruña, 1915), de José Pérez Porto.
No ámbito da política, a biblioteca inclúe obras como Patria y federalismo (Madrid, 1873), de Francisco María Tubino ou Valor histórico del regionalismo (Madrid, 1893), de Delfín Fuentes Espluga.
A etnografía está presente, por exemplo, na obra de Theophilo Braga titulada O povo portuguez nos seus costumes, crenças e tradiçoes (Lisboa, 1885), e a literatura en obras como La terre (París, 1887), de Émile Zola.
A biblioteca de Murguía é, polo tanto, un conxunto bibliográfico sumamente interesante para os investigadores, que revela a personalidade do propietario, un dos intelectuais galegos máis prestixiosos do noso país.
